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PCR反應的特點是具有較大擴增能力與*的靈敏性，但令人頭痛的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。

一、標本交叉污染源：

收集標本的容器：標本放置時，由于密封不嚴溢于容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染；

吸樣槍：標本核酸模板在提取過程中，由于污染導致標本間污染；

氣溶膠：zui可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式。在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管，開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染。據(jù)計算一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。

二、PCR試劑污染源：

由于在PCR試劑配制過程中，由加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液等污染而導致的PCR試劑污染。

三、PCR擴增產(chǎn)物污染源：

PCR反應中zui主要zui常見的污染源。由于PCR產(chǎn)物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數(shù)個拷貝的極限，所以極微量的PCR產(chǎn)物污染，就可造成假陽性。

四、克隆質(zhì)粒污染源：

克隆質(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當高，活細胞內(nèi)的質(zhì)粒，由于活細胞的生長繁殖的簡便性及具有很強的生命力。故在分子生物學實驗室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對照的檢驗室污克隆質(zhì)粒污染能性也很大。